Petualangan besar
dimulai dari sini.

Luffy ditemukan terapung di laut oleh sebuah kapal pesiar. Setelah berhasil menggagalkan serangan Bajak Laut Alvida, ia bertemu dengan sekutu barunya, Koby, seorang pelayan di kapal tersebut.

Luffy dan Koby menemukan Zoro yang ditawan di markas Angkatan Laut di Kota Shells, sementara para anggota Angkatan Laut berencana untuk mengeksekusinya. Luffy dan Koby bekerja sama untuk mengambil kembali katana-katana Zoro, sekaligus menghadapi Kapten Angkatan Laut Morgan yang kejam beserta putranya, Helmeppo.

Luffy dan Zoro bertarung dan mengalahkan Morgan, Helmeppo, serta pasukan Angkatan Laut. Koby berpisah dengan Luffy untuk bergabung dengan Angkatan Laut, sedangkan Zoro bergabung dengan kru Luffy sebagai anggota tetap.

Makna topi jerami milik Luffy dijelaskan karena topi tersebut dipercayakan kepadanya oleh idola, Shanks. Luffy kemudian tanpa sengaja mendapati dirinya berada di Orange Town, wilayah kekuasaan bajak laut Buggy.

Luffy, Nami, dan Zoro berhadapan dengan Buggy si Badut. Buggy mengancam akan menembakkan Buggy Ball ke arah Luffy, tetapi serangan itu justru dialihkan kembali ke arah anak buahnya.

Luffy mempertahankan diri dari pembunuh bayaran Buggy, Beast Tamer Mohji, dan singanya, Richie. Setelah berkoalisi dengan walikota kota tersebut serta seekor anjing, kru Topi Jerami kembali ke markas Buggy untuk menghadapinya.

Zoro berhadapan dengan Cabaji, akrobat sekaligus kepala staf Buggy, dalam pertarungan pedang satu lawan satu. Setelah Zoro keluar sebagai pemenang, Luffy bertarung melawan Buggy, di mana topi jeraminya rusak akibat serangan Buggy.

Buggy menceritakan bagaimana Shanks menggagalkan rencananya untuk mencuri dari kru mereka dan meraup kekayaan. Kelompok itu mengalahkan Buggy, lalu mengusirnya dari pulau tersebut, sebelum akhirnya mereka sendiri berangkat meninggalkan pulau itu menuju tujuan berikutnya.

Dalam pencarian kapal yang tepat, Luffy, Nami, dan Zoro tiba di Desa Syrup, tempat mereka bertemu dengan Usopp, si pembohong terkenal di desa itu. Mereka memutuskan untuk meminta bantuan kepada gadis terkaya di desa itu, Kaya, tetapi justru dihadang oleh pelayannya, Klahadore.

Klahadore menegur para awak kapal dan Usopp, lalu mengusir mereka dari rumah besar itu. Namun, mereka kemudian mengetahui bahwa Klahadore—yang nama aslinya adalah Kuro—adalah seorang kapten bajak laut yang bekerja sama dengan seorang ahli hipnotis untuk membunuh Kaya.

Zoro dan Nami menyelamatkan Luffy dan mengetahui niat jahat Kuro. Sementara itu, Usopp berusaha memperingatkan penduduk kota tentang ancaman yang akan datang, tetapi mereka tidak mempercayainya. Para awak kapal memutuskan untuk bekerja sama dengan Usopp guna melawan Bajak Laut Kucing Hitam sendiri.

Para awak kapal bersiap menghadapi serangan yang akan datang dengan mempertahankan pantai selatan, namun para bajak laut musuh justru datang dari utara. Mereka tiba tepat pada waktunya untuk menghadapi serangan tersebut, dan mereka bertempur untuk mencegah Bajak Laut Kucing Hitam memasuki desa.

Kaya menyadari sifat asli Klahadore setelah menemukan Merry dalam keadaan terluka. Sementara itu, Jango menghipnotis anak buahnya untuk meningkatkan kekuatan mereka, dan setelah rencana ini gagal, ia memanggil Saudara-saudara Nyaban untuk bertarung melawan Zoro.

Kapten Kuro sendiri tiba di tempat kejadian, dan karena Zoro terluka parah hingga tak bisa bertarung, Luffy dalam keadaan tak berdaya, serta dua orang lainnya, Nami dan Usopp, terlalu lemah untuk menghadapinya, situasi tampak tak ada harapan. Namun, Kaya sendiri muncul untuk menawar dengan Kuro.

Kuro bertarung melawan Luffy, Jango mengejar Kaya yang sedang mundur, dan Zoro berhadapan dengan Buchi yang kekuatannya semakin meningkat. Setelah Zoro keluar sebagai pemenang, ia pergi untuk menolong Kaya, sementara Kuro menceritakan latar belakangnya sebagai kapten bajak laut serta niatnya untuk berhenti menjadi bajak laut.

Jango mengejar Kaya di hutan dan memaksanya untuk menandatangani surat wasiat itu, tetapi Zoro dan Usopp datang menolongnya. Sementara itu, Kuro melancarkan serangan Shakushi-nya, menyerang tanpa pandang bulu baik Luffy maupun kru-nya sendiri.

Luffy mengalahkan Kuro dan Usopp mengalahkan Jango, sehingga Bajak Laut Kucing Hitam pun diusir dari pulau itu. Para awak kapal menerima kapal baru dari Kaya, menerima Usopp sebagai anggota baru, dan berlayar menuju tujuan berikutnya.

Setelah merancang bendera Jolly Roger untuk para awak kapal, mereka mengunjungi Pulau Hewan Langka untuk mencari harta karun. Mereka tidak menemukan harta karun, tetapi mereka berteman dengan Gaimon, seorang pria yang terkurung dalam sebuah kotak dan telah tinggal di pulau itu selama dua puluh tahun.

Zoro tertidur sebentar dan bermimpi tentang masa kecilnya, hubungannya dengan mendiang Kuina, serta ambisinya. Sementara itu, Luffy menembakkan meriam ke arah sebuah batu, yang membuat Johnny, teman lama Zoro, marah.

Awak kapal bertemu dengan Johnny dan Yosaku, mantan rekan pemburu hadiah Zoro, lalu mereka berlayar menuju restoran Baratie untuk mencari seorang koki. Sementara itu, Sanji, wakil kepala koki di restoran tersebut, mengalahkan Letnan Angkatan Laut yang sombong bernama Fullbody saat terjadi pertengkaran sengit.

Sanji memberi makan seorang bajak laut yang kelaparan bernama Gin. Luffy mulai bekerja sebagai pembantu untuk membayar ganti rugi atas kerusakan yang ia timbulkan di Baratie. Sambil bekerja, Luffy berusaha meyakinkan Sanji agar bergabung dengan kru-nya, namun usahanya sia-sia.

Gin kembali ke Baratie bersama kaptennya, Don Krieg, yang juga kelaparan, dan Sanji sekali lagi memberinya makanan. Namun, begitu Krieg pulih tenaganya, ia mengkhianati sang koki dan menyerang Baratie, meskipun sang koki telah berusaha sekuat tenaga untuk menghentikannya.

Upaya Krieg yang gagal di Grand Line pun terungkap. Namun, ia diserang oleh Hawk-Eyes, seorang pejuang terkenal di Grand Line. Sementara itu, Nami membelot dari kru dan membawa kapal itu bersamanya.

Zoro bertarung melawan Dracule Mihawk yang terkenal di seluruh dunia dan mengalami kekalahan. Mihawk kemudian pergi, sehingga Krieg pun memulai invasi terhadap Baratie.